A Történet

Az orosz elnök magángépén vagyunk, ahol egy testőrt alakítunk. Az elnök egy németországi béketárgyalásra igyekszik, ám a gépet megtámadják terroristák. Feladatunk az elnök és annak lányának védelme. Lezuhan a gép, de a védendő személyek épségben vannak. Miután visszavertük a támadókat megérkezik a mentésünkre küldött helikopter, amit ott áll Makarov fegyverrel a kezében. Az általunk alakított őrt agyonlövi, az elnököt és lányát elrabolja. Makarov ki akarja szedni az elnökből, az orosz nukleáris fegyverek indítókódjait.
Soap, Price és MacMillan elutazik Sierra Leone-ba, ahol Makarov fegyvereket rakod egy helikopterre. Feladatunk a rakomány megszerzése, ám a helikoptert nem sikerül elérnünk.
A rakomány megérkezik Londonba, ahol a brit SAS tagjaként kell megszereznünk azt, ám a rossz fiúk itt is gyorsabbak voltak. A terroristák elfoglalják az egyik londoni metróvonalat, ahol a SAS teherautókkal veszi üldözőbe az elfoglalt metrókocsikat. Bekövetkezik egy hatalmas baleset. Néhány SAS tagot leszámítva mindenki életét veszti, de kijutunk az alagutakból. Fent vár minket a nyüzsgő nagyváros, London.
Hirtelen egy apuka bőrében találjuk magunkat, aki az utcán feleségét és kislányát filmezi, amint galambokat kergetnek. Megáll egy teherautó, kiszáll belőle két gázálarcos férfi, majd pár másodperccel később az autó felrobban. A robbanás széttépi a kislányt és a feleségét, a férfi holtan esik össze, a kamerai pedig még forog egy ideig.
Mint kiderül Európa összes nagyvárosában történtek robbantások. London, Berlin, Prága, Budapest és ezekben a nagyvárosokban az utcákat beborítja a mérgező gáz zöld füstje.
Az orosz hadsereg lerohanja egész Európát.
Feladatunk Hamburgba utazni, hogy kimentsük onnan a béketárgyalásra indult (amerikai) alelnököt.
Eközben Price megtudja, hogy ki Makarov bombagyárosa és, hogy hol bujkál az illető. Irány Párizs, ahol a francia kommandósokkal együtt kell elfognunk Volkot. Sajnos a feletteseink élve akarják, ezért ki kell menekítenünk Párizsból, azonban a teljes orosz hadsereg próbálja meg elállni az utunkat. A küldetésben percenként változik, hogy éppen a földi egység tagjaként, vagy a levegőben köröző gép fegyvereit vezérelve kell biztosítanunk a kijutást. A csapat egy hídnál várja a segítséget, akik el is pusztítják a támadó oroszokat. Itt volt a játék egyik legepikusabb jelenete. Ledőlt az Eiffel-torony.
Megtudjuk Volktól, hogy Makarov Prágában, egy szállodában bujkál. A Task Force 141 segítséget kér egy Kamarov nevű orosz loyalista barátjuktól, aki megszervezi a cseh ellenállás támadását. Eközben Yuri bőrébe bújva megpróbáljuk lelőni Makarovot. Makarov azonban számított az érkezésükre és csapdát állított a csapatnak. Makarov beszél a csapathoz (talán rádión) amiből Soap megtudja, hogy Yuri és Makarov személyesen is ismerik egymást. Egy bomba felrobbantja a templomtornyot amiben Soap és Yuri rejtőzködött. Soap súlyosan megsérül. Price siet a segítségünkre. Yuri és Price felváltva cipeli a sérült Soapot. Egyikük a sérültet viszi, a másik fedezi őket. Sikerül biztonságos helyre érniük, ahol Soap utolsó szavaival elárulja Price-nak, hogy Yuri és Makarov ismeri egymást. Price fegyvert szegez Yuri fejéhez, hogy mondja el mi ez az egész.
Ahogy kiderül, Yuri és Makarov testvérek (nem biztos, hogy vér szerint, lehet, hogy csak annyira közeli volt a kapcsolatuk). Együtt dolgoztak Zakhaevnek és ők ketten menekítették ki, mikor Price megpróbált végezni vele. Benne volt a kezük a 2011-es keleti atomtámadásban, de Yuri átállt a másik oldalra. Ezt megtudva Makarov őt is lelőtte a reptéri incidensnél, de túlélte, mert a helyszínre érkező mentők őt is megmentették. Price hisz neki.
Price és Yuri bejutnak Makarov prágai kastélyába, ahol megtudják, hogy az orosz elnök lányát Berlinben őrzik. Price azonnal értesíti a helyi egységeket (Team Metal), akik elindulnak, hogy kimenekítsék a lányt, azonban Makarov emberei ismét gyorsabbak voltak. Megtudják, hogy Makarov és az ultranacionalisták egy szibériai gyémántbányában tartják fogva az elnököt és annak lányát. A Metal Team és a Task Force 141 megmaradt tagjai elindulnak, hogy kimenekítsék őket. A bánya felrobban és csak Price, Yuri, az elnök és annak lánya jut ki. A többiek odavesznek.
Az orosz elnök békét köt Amerikával és az európai országokkal.
Makarov az Arab-félszigeten bujkál a Hotel Oasis-ban, ahova Yuri és Price golyóálló öltözetben, állig felfegyverkezve érkezik. Végeznek az őrökkel, de egy robbanásban Yuri megsérül és hátramarad. Price-nak sietnie kell, ha el akarja érni Makarov helikopterét. Price-nak sikerül felugrania a gépre, ahol megöli a pilótákat, de a gép kigyullad és visszazuhan az épület tetejére. Makarov és Price szédelegve próbálják meg elérni a kettőjük között heverő pisztolyt, de Makarov a gyorsabb. Pont, mikor le akarta lőni Price-t megjelenik a félholt Yuri, aki vállba lövi Makarovot, ám az visszalő és egyenesen homlokon lövi "testvérét". Price ezt kihasználva ráveti magát Makarovra. Egy kötelet teker annak nyakára, majd megpróbálja Makarov testével betörni az alattuk már eléggé megrepedezett üvegpadlót. Sikerrel jár. Mindketten a mélybe zuhannak. Price egy kiálló teraszos részre esik Makarov görcsösen rángatózó teste pedig a nyakába akasztott kötélen himbálózik.
Captain Price elővette gyújtóját és szivarját, hogy pöfékelés közben gyönyörködhessen a látványban. Vége a trilógiának.